Bienvenue à Eric Letouzé, lauréat d’un Connect Talent Pays de la Loire et directeur de recherche en génomique des cancers
Depuis septembre 2021, le SIRIC ILIAD a la chance d’accueillir Eric Letouzé directeur de recherche, qui a rejoint les équipes de recherche du programme d’oncologie cellulaire (PISTER) dans le cadre du programme Connect Talent de la Région Pays de la Loire.
Un Connect Talent c’est quoi ?
« Le dispositif Connect Talent de la région Pays de la Loire vise à soutenir l’installation et l’ancrage de leaders scientifiques de renommée internationale, porteurs de projets en rupture dont l’objectif est de relever des défis scientifiques ou technologiques majeurs de notre époque et dont les impacts sociétaux et économiques sont incontestables. » Site internet de la Région Pays de la Loire
Le Connect Talent obtenu par Eric Letouzé lui a permis de rejoindre le Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCINA) en septembre 2021, où il a intégré l’équipe de Stéphane Minvielle. Dédiée à l’analyse génomique intégrée des cancers, cette équipe est rattachée au programme PISTER du SIRIC ILIAD. L’arrivée d’Eric Letouzé a pour but d’y développer une nouvelle activité de recherche, dans un domaine de pointe.
Pourquoi Eric Letouzé ?
Avec plus de 10 ans d’expérience dans l’étude des génomes des cancers solides, Eric Letouzé a gagné une grande expertise dans le domaine, notamment en devenant directeur de recherche. Pourtant, Eric Letouzé n’est pas un chercheur en blouse blanche comme on peut l’imaginer. Son expertise en génomique s’est forgée grâce à ses compétences en bio-informatique et c’est cette double compétence qui est au cœur du projet.
« Au quotidien, je ne réalise pas d’expérience en laboratoire, mais j’analyse et interprète les données biologiques grâce aux statistiques et à l’informatique » Eric Letouzé
Eric Letouzé débute sa carrière par un doctorat à l’Institut Curie sur le cancer de la vessie et participe ainsi aux débuts des études génomiques avec l’arrivée des puces à ADN 1.
2006-2010 : Thèse de doctorat sur « Analyse bioinformatique des voies de progression du cancer de la vessie » sous la direction de Frédéric Guyon, Université de Paris VII
Ensuite, c’est à la Ligue contre le Cancer qu’il réalise son post-doctorat, afin d’y étudier les génomes d’une centaine de tumeurs de différents types dans le cadre du projet « Cartes d’Identité des Tumeurs (CIT) », projet visant à affiner la connaissance moléculaire de multiples types de tumeurs dans la perspective d’améliorer ou de développer des approches thérapeutiques ciblées.
2010-2014 : Post-doctorant, Ligue contre le cancer comité départemental de Paris
Finalement, c’est aux côtés de la Professeure Jessica Zucman-Rossi qu’il devient responsable du projet « Computational Cancer Genome Analysis » au Centre de Recherche des Cordeliers, où il travaillera pendant six ans sur les cancers du foie.
Au-delà de ce parcours déjà bien rempli, Eric Letouzé s’investit également en tant que co-fondateur et manager de « GeCo », un service de conseil avancé en génomique, qui aide les chercheurs et les entreprises biotechnologiques et pharmaceutiques à donner un sens à leurs données génomiques ; mais également en tant que responsable de la chaire de recherche « Génomique du cancer », qui vise à utiliser des approches bio-informatiques pour identifier les altérations génomiques responsables du cancer.
2015-aujourd’hui : Co-fondateur de GeCo (advanced genomic consulting service)
2019-aujourd’hui : Responsable de la chaire de recherche « Génomique du cancer », PRAIRIE (PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE)
Projet Connect Talent : CANCERGEN
« L’objectif du projet est de développer des approches computationnelles innovantes, intégrant des méthodes issues d’autres disciplines scientifiques (intelligence artificielle, biophysique de l’ADN, modélisation mathématiques) pour surmonter les limites des approches bio-informatiques classiques et répondre à des questions clés en génomique des cancers. » Projet Connect Talent « Cancergen »
Son projet Connect Talent « Cancergen », Eric le consacre au myélome multiple. Ce cancer de la moelle osseuse possède une grande diversité moléculaire, chaque tumeur est donc différente et va répondre plus ou moins bien aux traitements disponibles. Ses recherches visent alors à mieux comprendre la cellule tumorale et les résistances aux traitements.
« Il s’agit de comprendre quel traitement est le plus adapté pour une personne donnée, en caractérisant finement le génome et l’épigénome2 de la tumeur tout au long du parcours de soin, du diagnostic à la rechute, avant et après les traitements. » Eric Letouzé
Ces travaux, Eric ne les réalisera pas seul, mais en étroite collaboration avec les professeurs Philippe Moreau et Cyrille Touzeau du service d’hématologie du CHU de Nantes, pour mener à bien un projet de recherche intégrant à la fois les données cliniques et les données biologiques.
« Sur le site nantais, il existe une forte connexion avec la clinique et de bonnes interactions avec les cliniciens, ce qui peut avoir un impact clinique très rapide » Eric Letouzé
Actuellement, des techniques de séquençage du génome sont utilisées en routine clinique pour le suivi des malades, afin d’évaluer les altérations moléculaires et ainsi la sévérité de la maladie. Cependant, elles ne permettent pas d’obtenir le niveau de précision des techniques utilisées en recherche. Ainsi, l’un des objectifs de ces travaux est de transférer les techniques utilisées en recherche vers les établissements de santé, afin d’obtenir une caractérisation fine de la tumeur dès le diagnostic et ainsi prescrire le traitement le plus adapté.
La structuration comme objectif final du projet
A l’heure actuelle, la bio-informatique est un domaine en pleine expansion. Les chercheurs en biologie génèrent de plus en plus de données, notamment des données génomiques liées aux séquençages ADN des cellules tumorales. Pour analyser ces données et leur donner un sens biologique, les équipes de recherche ont besoin de professionnels « doublement » compétents : à la fois en biologie et en informatique.
« Avec l’augmentation des données générées, les besoins en bio-informatique sont croissants partout en France dans les équipes de recherche, mais aussi dans les services cliniques, qui réalisent également des séquençages. » Eric Letouzé
Malheureusement, ces profils se font rares aujourd’hui. L’objectif final du projet d’Eric Letouzé est ainsi de structurer localement la bio-informatique, pour répondre aux besoins de la communauté scientifique Nantaise.
1 : Les puces à ADN peuvent être utilisées pour mesurer et/ou détecter les ARN. Puisqu’elles permettent en une seule expérience d’avoir une estimation sur l’expression de plusieurs dizaines de milliers de gènes, les puces à ADN ont contribué à la révolution de la génomique.
2 : L’épigénome est l’ensemble des modifications épigénétiques d’une cellule. C’est-à-dire, les modifications qui régulent l’expression des gènes, transmissibles par division cellulaire, mais qui ne sont pas portés par la séquence ADN elle-même.
